A htaccess beállítások mindig azon könyvtárra vonatkoznak, ahová fel vannak töltve, és az alkönyvtáraira. Azaz elegendő a gyökérkönyvtárba feltölteni egy .htaccess-t a beállításokkal, az az alkönyvtárakra is érvényes lesz.
Ha az alkönyvtárba töltünk fel egy .htaccesst, az arra az alkönyvtárra, és annak további alkönyvtáraira lesz érvényes. Ugyanakkor a főkönyvtár beállításai is öröklődnek. A dolog alapvetően úgy működik, az alkönyvtárban beállítunk egy-két dolgot, és minden, amivel kapcsolatban nem állítottunk be semmit, ott a felette levő szint beállítása öröklődik.
Természetesen ez a szabály akkor érvényes csak, ha a felette levő szinteken olyan a beállítás, hogy engedi az alsóbb szinteknek a beállítások felülírását (AllowOverride)
Ezen szabály miatt a szerver valamennyi oldalbetöltésnél rekurzívan végigvizsgálja a teljes könyvtárstruktúrát, hogy hol vannak htaccess file-ok, és milyen beállítások vannak benne. Ez nagy forgalmú oldalaknál jelentős terhelést jelenthet a szervernek. Emiatt van az, hogy ha saját szerverünk van, akkor hacsak nem szükséges mindent könyvtárszinten külön állítgatni, inkább a szerver fő konfigurációs file-jában tegyük meg a szükséges beállításokat.